Wilków jest ulokowany nad wielkim zakrętem Odry w miejscu gdzie przebiegał w średniowieczu trakt handlowy łączący Wielkopolskę ze Śląskiem.
Pierwsza wzmianka o parafii i kościele w Wilkowie pochodzi z 1357 roku. Pierwotna świątynia p.w. Wszystkich Świętych została w czasach reformacji, w 1524 roku przejęta przez protestantów, a po zniszczeniach wojennych w latach 1618 – 1648 prawo do budowy nowego kościoła otrzymali już tylko katolicy w 1654 roku. Kościół był jednak nadal wielokrotnie niszczony, w 1632 roku przez Szwedów, a w 1759 roku został spalony przez Kozaków. Ostatecznie odbudowany w 10 lat później dzięki fundacji pułkownika Ludwika Ferdynanda Lichnowskiego, komendanta Głogowa i właściciela tutejszych dóbr od 1761 roku. Częste powodzie i życie mieszkańców Wilkowa w ciągłym zagrożeniu spowodowało zmianę wezwania świątyni i powierzenie jej pod opiekę św. Jana Nepomucena. W jej wnętrzu w prezbiterium zachowała się drewniana rzeźba św. Jana Nepomucena (patrona) oraz renesansowe epitafium przedstawiciela miejscowej szlachty. Drugie z zachowanych epitafium wmurowane jest w ścianę zewnętrzną u podstawy wieży.